生体が糞をしたり、残った餌が腐ったりすると水槽内にアンモニアが発生します。

アンモニアは生物にとっては有害な物質なのでバクテリアを使って分解します。
これが生物濾過と言われる濾過です。

生物濾過によりアンモニアは、最終的に硝酸塩になります。

アンモニア ⇒ 亜硝酸 ⇒ 硝酸塩

アンモニアと亜硝酸は生体に有毒で硝酸塩は無毒です。
そして、硝酸塩は植物の肥料になります。

アンモニア ⇒ 亜硝酸に変えるのがニトロモナス属のバクテリアで、
亜硝酸 ⇒ 硝酸塩に変えるのがニトロスピラ属のバクテリアです。

どちらの属のバクテリアも好気性のバクテリアなので、
溶存酸素の少ない水では満足に繁殖できません。

濾過の器材はたくさんの種類がありますが、多くは生物濾過のための器材です。

立ち上げ直後の水槽にはバクテリアが繁殖していないので、
悪い環境でも生存できる強い魚を水槽に入れ、
糞から出るアンモニアでバクテリアを増やします。